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10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序

技術(shù)簡介

基于Pacbio10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序以單個細(xì)胞為單位進行檢測。基于微流控技術(shù)的單細(xì)胞文庫制備系統(tǒng),可以同時獲得100-80,000以上的單細(xì)胞,制備文庫和Illumina平臺兼容,通過測序?qū)崿F(xiàn)對高通量單細(xì)胞數(shù)據(jù)進行細(xì)胞群體的分類以及細(xì)胞群體間基因表達的差異分析,是研究腫瘤異質(zhì)性,免疫細(xì)胞群體和胚胎發(fā)育的優(yōu)秀方法。10X Genomics可應(yīng)用的細(xì)胞類型眾多,如腫瘤細(xì)胞、免疫細(xì)胞、干細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞、生殖細(xì)胞、 胚胎細(xì)胞等。

技術(shù)路線(實驗+信息分析流程)

 送樣建議

 樣本類型:細(xì)胞懸液,組織等

 應(yīng)用領(lǐng)域

 發(fā)育生物學(xué):神經(jīng)細(xì)胞發(fā)育研究、腦發(fā)育研究等。

 腫瘤方向:腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性、腫瘤微環(huán)境、腫瘤耐藥性等。

 細(xì)胞方向:大規(guī)模細(xì)胞圖譜構(gòu)建、細(xì)胞分化、稀有細(xì)胞類型鑒定等。

 免疫方向:構(gòu)建免疫圖譜、免疫細(xì)胞分化等。

 生物標(biāo)志物/疾病分型

 ...

 案例分析

Cell Research: 通過單細(xì)胞RNA測序追蹤人類胚胎中的第一個造血干細(xì)胞生成[1]

研究背景

迄今為止,追蹤人類胚胎中的第一批造血干細(xì)胞(HSC)的出現(xiàn),特別是其稀有和短暫的前體,是具有挑戰(zhàn)性的,主要是由于技術(shù)限制和材料稀缺性。

研究策略

本文對509個細(xì)胞進行了良好的單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq),對11,440個細(xì)胞進行了基于微滴的scRNA-seq測序(10X Chromium),從而首次構(gòu)建了人類胚胎中HSC生成的分子景觀。涵蓋了人類胚胎發(fā)生過程中從內(nèi)皮細(xì)胞到HSC轉(zhuǎn)換的整個過程。

圖1. 人類胚胎單細(xì)胞測序分析

 

參考文獻

[1]. Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing. Cell Res. 2019 Nov;29(11):881-894. doi: 10.1038/s41422-019-0228-6. Epub 2019 Sep 9.

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